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中国历史地理研究所成立于1982年。中国历史地理学的奠基人、著名历史地理学家和历史学家、已故中国科学院院士谭其骧先生为首任所长。研究所前身为1957年由谭其骧先生创办的复旦大学历史系中国历史地理研究室。1987年，复旦大学中国历史地理学被国家教育委员会列入首批国家重点学科。1996年，研究所开始承担国家“211工程”历史地理研究项目。1999年，研究所入选教育部首批全国人文社会科学重点研究---历史地理研究中心，中心于2003年、2009年，被教育部两次评为优秀重点研究。2000年，研究所被列入复旦大学“985工程”重中之重建设单位。2005年，研究所入选为历史地理研究国家哲学社会科学创新。
本研究所是目前国内研究人员最多、研究方向最全的中国历史地理学研究机构。研究所拥有一批国内的学科带头人，研究内容涵盖历史自然地理和历史人文地理两大分支的主要方向。在学科发展过程中，全所目前已形成9个研究方向：历史自然地理与变迁研究、历代疆域政区与历史地理研究、历史人口地理与人口史研究、边疆史地研究、历史经济地理研究、历史城市地理研究、历史文化地理研究、历史社会地理研究、历史地理信息系统研究。
全所现有在职人员33人。其中，科研人员28人，计有教授（研究员）16人、副教授（副研究员）10人、（助理研究员）1人、工程师1人。另有行政人员5人。研究所现任所长为张晓虹教授。
研究生培养方面，早在1981年，复旦大学历史地理学专业就被批准为国家首批历史地理学专业博士学位、硕士学位授予点。1983年8月，周振鹤、葛剑雄在谭其骧先生指导下完成博士论文并通过答辩，经教育部批准提前毕业，于同年10月获博士学位，成为全国首批文科博士。研究所现拥有1个硕士学位授予点：历史地理学。3个博士学位授予点：历史地理学、人口史、边疆史地。
截至2015年5月，本所共有6篇博士论文获“全国百篇优秀博士论文”励，占复旦大学文科之半，居全国历史学科首位。另有5篇博士论文获“全国优秀博士论文”提名，14篇博士论文、3篇硕士论文获上海市研究生优秀（学位论文）励。目前，全所在读研究生100余人。复旦大学中国历史研究所的毕业生遍布全国各地，在科研、教育、出版、等岗位上，运用历史地理学的知识和技能，为国家建设积极贡献着自己的力量。
主要研究中国历史时期各人文因素的空间特征及其与地理之间的关系。包括中国历代疆域政区的形成和变迁；人口的增殖、分布和迁徙；农业、手工业、商业、交通等经济要素的地理配置和变迁；城市与区域经济的发展；语言、教、风俗、艺术等文化要素的地域差异和演变过程等。重视人地关系的研究，综合人文与自然要素以探求其演变的内在规律，为我国经济、文化建设提供历史经验及指导性意见。
主要研究历史时期中国自然的演变过程以及构成自然各要素之间相互联系、相互制约的关系。着重研究河流、湖泊的历史演化过程；海岸的伸缩变化；沙漠的推移变动；气候的冷暖交替趋势以及动植物分布区的变化等。注重人为因素在变迁过程中的积极与消极作用，注重总结自然演变的规律，为预测未来变化提供历史依据。
主要研究历史时期中国境内各民族人口数量变化及其再生产过程（包括婚姻、家庭、出生率、死亡率与增长率等）；各个时期人口构成的特征和变化规律；人口调查和管理制度的变迁；自然与社会变迁对人口发展的影响；历史人口文献的整理分析等。
注重文献研究和相关的人口统计制度复原，在此基础上重建人口数据体系，确保数据的真实性，并以现代人口统计的理论和方法进行分析，将其置于自然与社会的背景中进行全方位的研究，为可持续发展和建立和谐的人地关系提供历史经验。
主要研究历史时期中国境内重大的人口迁移和移民，包括移民数量、迁出地状况、迁入地状况、迁移线、形成迁移的推力与拉力、定居过程等；历代移民政策的形成及演变；移民对中国历史各方面的影响；历史人口迁移的理论与规律等。
注重探究移民与人口迁移对中国、经济、文化、社会和自然等各方面的深刻影响。注重文献研究，重建人口迁移与移民过程。总结历代移民政策的得失，为当代人口迁移政策和可持续发展提供历史借鉴。
主要研究历史时期中国境内人口数量的空间差异和演变状况；引发人口空间差异的地理因素；人口迁移对人口空间分布的影响；各时期人口分布的不平衡性及其影响；区域人口发展与变迁的密切关系等。
注重以可靠的人口数据和历代疆域政区为基础，探究历史地理要素对区域人口分布和发展的影响，人口分布与、社会、经济、文化等因素间的密切关系，从而为正确分析当代中国人口分布状况、规划未来提供历史依据。
注重采用多学科综合分析的方法，重点进行农牧交错带，云贵地区气候变迁、演变等专题研究。
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